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可可托海在相当长的一段时间内默默奉献着自己，不为人知。因为保密政策的执行而在民间显得神秘，于是在民间流传着关于可可托海的种种传说。这些传说真真假假、虚虚实实，不少是把可可托海吹得神乎其神的“当代神话”。有两件事情，被可可托海的相关专家们认为是无聊的玩笑。
其一，便是关于可可托海宝藏的发现，有人认为苏联人在额尔齐斯河下游发现了稀有金属矿石，因而推断上游有稀有金属矿产，于是溯流而上，在额尔齐斯河的源头可可托海找到了矿藏。
其二，便是被部分人称为“镇馆之宝”的收藏于可可托海地质陈列馆的额尔齐斯石，因为不具有具体用途，没有实际价值。至少目前是这样。围绕以上两件事情的争议还在继续，也许永远不会有定论。在这里列出来，是因为可可托海很多专家都持否定态度。除此之外，还有许许多多的需要纠正的说法。
有一种说法，在可可托海3号矿坑发现了7种新元素。事实上，稍微有点化学知识的人都知道，人类从自然界发现的最后一种化学元素是铼，是诺达克等三位科学家于年发现的，此后虽然有新元素出现，但是都是从实验室合成的，被称为人造元素。而可可托海最早被发现有稀有金属（宝石）是年，距离在自然界发现最后一种元素已经5年了。
确实，可可托海稀有金属丰富，3号矿坑被誉为“稀有金属博物馆”，但是并没有发现新元素，一切元素都是在其他地方发现过的。其中的额尔齐斯石也并不是新元素，而是已知元素的未知化合物，或者已知化合物的未知结晶方式。如果一个矿坑里能发现7种新元素，大幅度改写现有元素存在状况，那绝对是惊天动地的，可可托海也会因此名满世界。但是科学就是科学，不应该因为可可托海的旅游前景、世界知名度而编造事件。可可托海发现过新物种（额尔齐斯石），但是未曾发现过新元素。
还有一种说法，因为可可托海3号矿坑所产的稀有元素的辐射，致使可可托海很多工人患了癌症。正因为这种说法，很多游客在游览的时候都不愿意进阿依果孜矿洞。这种传言其实也是缺乏基本常识的。可可托海的稀有金属主要是锂、铍、钽铌、铯、铷等，这些元素均不具有放射性；3号矿坑的86种矿物质中，并没有具有较强放射性的矿物。在3号矿坑7矿带中含有极少量的细晶石，具有一定辐射，但是因为含量极低，而且辐射很低，不会造成伤害性。
所以，把辐射造成的癌症作为可可托海职业病是无稽之谈。癌症也并非可可托海的主要病种。可可托海真正的职业病是风湿和矽肺病。风湿的来源是可可托海很多年份冬天并未停工，工人经常在冬天极低温度下工作，很多人都在没有暖气的野外工作，冰寒侵蚀造成的。
当然，3号矿坑有一段时间是地下开采，矿洞阴冷，长年累月的矿洞工作也是风湿病频发的原因。矽肺病则是因为工作场所尘沙重，而尘沙则是由生产造成的。采矿的时候很多地方需要钻炮眼，使用的是风机动力钻（当然在极为偏远的地方也有少部分完全依靠凿子人工钻眼的），3号矿坑用电风机，新三矿、四矿在电力还没有到位的时候使用的是柴油机风机。
钻炮眼的时候，在水源还没有到位的情况下利用干钻开凿岩石，尘沙飞舞，石英石、云母等被吸入肺部，具有致病作用。早期追求产量，劳动防护意识不高，防护措施不严格。井下开采的时候，在排风不良的情况下，在粉尘飞舞的洞窟进行作业；室外选矿时，在矿物粉碎的过程中没有专门的通风设备，手选场地尘沙飞舞。所有这些工作，一开始连口罩都没有，工人工作一天下来，粉尘凝结在口鼻边，坚硬如石，而被长年累月吸入的粉尘，则成为了矽肺病的罪魁祸首。这些都和辐射没有任何关系。
不过，在上世纪60年代，可可托海正在开采的时候，就一直有可可托海矿产具有放射性的谣言。其中有一个例子，是在可可托海飞机场的工作人员如果不是必须都不去碰钽铌矿、绿柱石，怕被辐射。因此这不算当代人的造谣。关于这个谣言的最初来历不得而知。
关于可可托海铍的储量的问题，本文之前引用新闻数据认为，目前已探明而且尚未开采的铍矿储量万吨，这个数据来源是否有根据不得而知。但是这个数据也是有疑问的。根据《中国有色金属网》报道：
位于新疆西北部的和布克赛尔蒙古自治县自年大规模开展找矿勘查以来，中国核工业二一六大队在该县白杨河矿区累计投入钻探工作量19万米，已探明铍矿资源储量5.2万吨，目前勘探工作已接近尾声。年12月底，该矿已累计发现铍矿资源的储量是4.7万吨，年新增吨。据悉，白杨河铍矿矿区面积为13km，为亚洲最大的羟硅铍石型铍矿床，矿床平均品位0.%，平均厚度为4.58m，资源量已获中国国土资源部备案，氧化铍矿体连续性好，工业矿带延伸稳定。
和布克赛尔“特大型”铍矿总量仅5.2万吨，上述新闻里可可托海储量是和布克赛尔的多倍。从情理分析，可能性不大。和布克赛尔的铍矿类型为羟硅铍石，氧化铍品位为0.%，而可可托海主要是绿柱石，氧化铍的平均品位为0.%左右，也就是同单位重量的羟硅铍石氧化铍的含量是绿柱石的2.5倍，那么，依据上述新闻的数据，可可托海已探明但尚未开采储量中的氧化铍也达到了和布克赛尔铍矿含量的多倍，这个数据也相当惊人。
根据可可托海专家肖柏阳等人所言，铍属于国家战略物资，储量是保密的，民间基本只能靠猜测。在网上还有可可托海矿产可以提炼万吨氧化铍的说法，专家们也认为完全没有可能性，甚至全球所有氧化铍铍存量加起来也没有那么高。
所以，可可托海的确还存在铍矿，而且已经探明数量，但是具体数目无从知晓。
网上曾经有过一篇文章，名叫《当新疆富蕴县“三号坑”的真相大白天下的时候，所有人都被惊呆了！》（在不同的网站题目有所变动，但是内容没有变），至今在一些网上还能见到。上面的错误观点、错误知识中的部分就出于这一篇文章。这篇文章夸大之处甚多，除了上面提出来的之外，比如李四光、钱学森亲自到过可可托海，比如可可托海冬天零下57.5度等，文章被可可托海的退休职工见到以后，他们便组织了有色公司老年科协进行分析，并且写作了相关文章，一一指出其中的谬误。
老职工们对可可托海饱含深情，但是他们也容不得任何超出实际的夸张。他们的实事求是的精神也是可可托海精神的一部分，在浮躁、急速、网络化的今天，对于广大党员干部尤其具有警示作用。可可托海的丰功伟绩，是建立在一个又一个实事求是的台阶上，并且级级升高的。在可可托海今后的发展中，实事求是精神也将是重要指导精神之一。
实事求是是中国共产党的共性，因此没有列入可可托海精神内涵。但是，没有实事求是这个基础，是不可能有可可托海精神的。这值得读者们深思。
事实上这些活动都在可可托海职工内部。虽然可可托海为国家立下了不世功勋，但是到目前为止，外界对可可托海的了解依然很少。可可托海不仅仅是旅游景区，而是稀有金属矿厂。这些稀有金属干什么用的？中国的核工业、航天航空工业的发展，离不开这个小镇。
